Das Bundesamt für Naturschutz fordert vom Träger bzw. dem jeweiligen Land, dass die Flächen des Kerngebietes zum Ende der Projektlaufzeit unter Naturschutz gestellt sind. In dem Projekt Feldberg-Belchen-Oberes Wiesental waren zu Beginn die Gebiete Feldberg, Belchen, Gletscherkessel Präg und die Utzenfluh bereits als Naturschutzgebiete ausgewiesen.

Im Jahr 2007 wurde das Teilgebiet Taubenmoos vom Regierungspräsidium Freiburg zum Naturschutzgebiet erklärt. Das Naturschutzgebiet "Wiedener Weidberge" wurde im September 2009 ausgewiesen; anläßlich des Festes unterzeichnete Regierungspräsident Julian Würtenberger die Verordnung. Die Erweiterung des NSG Utzenfluh ist für 2011 geplant.